Есть два Mikrotika соедини между собой по принципу WDS Bridge как прокинуть вланы с одного на другой.
Формированием вланов выступает другое устройство, которое не на ОС: Mikrotik.

Есть несколько вариантов :
1 - EoIP туннель пропускает любые даже самые "извращенные" пакеты
2 - Bridge (он же WDS-bridge) -VLAN влан пропускает нормально (на счет других пакетов типа QinQ - не уверен), главное что-бы хватало MTU на соответствующих интерфейсах.

P.S. В старых версиях микротика (где-то 2.9.40 и ниже) были прблемы с MTU (1480)

А как тогда реализовать такую схему
1. Соит сервер где формируются вланы (vlan 5).
2. За ним свитч (802.1q).
3. База на Миктротике
4. Радио клиент - на него нужно завести этот влан 5.

На клиенте вы создаете бридж с wlan и ether , можно поробовать сделать по другому :
создаем бридж, включаем в него wlan , на ether создаем влан и добавлем его в бридж

А что тогда на базе прописовать?

Дк если бридж - то он все пропустит , в том числе и вланы

Если этот вариант не поможет - тогда через EoIP

EoIP это клас, но WDS будет по производительней или я не прав?

Вы правы , WDS дает на 10-20% больше производительности по радио ,